行政院長劉兆玄，傍晚批准衛生署長林芳郁的辭呈，事實上，從一早開始，府院高層幾乎都已經有了讓林芳郁走人的心理準備，根據了解，林芳郁主導的專案小組，完全輕忽政治風暴，馬總統和劉揆都是在前一晚，衛生署開了記者會後，才得知檢驗標準大轉彎，這讓劉揆相當不滿。

毒奶粉爆發第12天，這場會議堪稱新政府上台後最烏雲罩頂的行政院會。行政院長劉兆玄：「我們在處理這些事情的時候，管理的運作的機制，危機處理的過程有待加強，特別地去進行所謂潛在風險，潛在威脅的評估，這要變成一個長年性的工作，而不是一個事情發生的時候，我們才去思考的一個問題。」

劉揆沒大聲斥責，但即使之前后豐大橋斷橋或是持續中的金融風暴，行政院會從來沒有像這回毒奶粉事件，這樣的氛圍。行政院發言人史亞平：「一定會有人負責，要負政治責任的就負政治責任，要負行政責任就負行政責任，就是該負什麼責任，就會負什麼樣的責任。」

「一定會有人負責」，政院發言人的回應，預告林芳郁的離開，根據了解，由林芳郁擔任召集人的專案小組在前一天晚上，作成重新統一檢驗標準的決定，由於內容具備高度專業，決策過程沒有經過府院高層，馬總統和劉揆還是在衛生署召開記者會宣布後才知情。

專案小組基於「專業角度」作的決策，在完全輕忽政治效應下，引發風暴，讓劉揆忍痛批准內閣首長第一份辭呈。